Chùa được xây từ đời nhà Lý, nơi tu hành của thiền sư Từ Đạo Hạnh. Chùa Thầy được coi là ngôi chùa đẹp nhất VN bởi kiến trúc cổ kính, đẹp bền vững với thời gian và phong cảnh hữu tình. Quanh Chùa Thầy có hẳn một cụm kiến trúc Phật giáo được xây dựng vào những triều đại khác nhau.

Một góc chùa trên núi Sài Sơn.

Ngày nay, chùa vẫn giữ được nét cổ kính như xưa cho dù phía bên ngoài và phần trên núi Sài Sơn đã “nhuộm màu” những quán xá xô bồ. Chỉ còn phần chính của chùa Thầy (Chùa Thượng, Chùa Trung và Chùa Hạ) là không bị “quấy rầy” bởi nhân gian…

Hồ rộng trước cổng Chùa có tên Long Chiểu (hay Long Trì) - Ao Rồng. Giữa hồ là một Thuỷ Đình tuyệt đẹp là nơi dành cho nghệ thuật múa rối nước.